ニモは、6歳になるカクレクマノミという魚の男の子です。グレートバリアリーフの海で幸せに暮らしていましたが、ある日捕まって、シドニー湾を見下ろす歯医者さんの水槽で飼われることになってしまいました。ニモのお父さんは臆病者のマーリン。親切なナンヨウハギのドリーと一緒にニモを探し助け出す旅に出ることにしました。そのころニモは、自分で水槽から逃げ出して家に帰るすごい計画を考えていました。